La región de Capayán forma parte del territorio histórico ocupado por los pueblos diaguitas y otras culturas preincaicas que, antes de la llegada de los españoles, desarrollaron sus tradiciones en esta zona. Durante el período previo a la conquista, estas comunidades estuvieron influenciadas por el Imperio Inca. El nombre de Capayán proviene del término quechua Qhapaq Ñan , que se traduce como “camino real”, haciendo honor al sistema vial incaico que atravesaba la región y conectaba diversos puntos del imperio, facilitando el intercambio cultural, económico y social entre sus habitantes.
La historia administrativa del territorio se remonta a la época colonial, cuando Catamarca integraba la Gobernación del Tucumán (desde 1563) y, más tarde, la Intendencia de Salta del Tucumán como Subintendencia de Catamarca. Con la Revolución de Mayo de 1810, Catamarca pasó a formar parte de las Provincias Unidas del Río de la Plata. Fue en 1821, al obtener su autonomía como provincia, cuando comenzó a organizarse en secciones departamentales, entre ellas Capayán, consolidando su configuración a lo largo del siglo XIX.
Su cabecera es Chumbicha, fundada el 23 de mayo de 1885 por Joaquín Acuña Molina, en el marco del trazado del ramal del Ferrocarril Noroeste Argentino, paralelo a la actual Ruta Nacional 38. Su crecimiento fue lento al principio, pero cobró impulso con la llegada del ferrocarril.
Actualmente, Capayán cuenta con una población de 19.885 habitantes (según el Censo Nacional 2022), distribuidos en distintos distritos. Está organizado en dos municipios: Capayán y Huillapima, que llevan adelante la gestión local y promueven el desarrollo de sus comunidades.